L’indemnisation des congés annuels non pris du fait de la maladie peut intervenir dans l’hypothèse d’une rupture conventionnelle (TA Strasbourg n°1904376 du 8 octobre 2020 par analogie, CJUE C-341/15 du 20 juillet 2016). 

Pour rappel, la rupture conventionnelle dans la fonction publique territoriale est une procédure expérimentale mise en place à compter du 1er janvier 2020, et ce jusqu’au 31 décembre 2025 (article 72 de la loi n° 2019-828 du 6 août 2019 de transformation de la fonction publique). Elle entraîne la radiation des cadres du fonctionnaire territorial.