Lorsqu'un fonctionnaire a été empêché de prendre ses congés annuels avant son admission à la retraite en raison d’un congé de maladie, il a droit à l’indemnisation de ses congés annuels non pris dans la limite de 4 semaines par an et d’une période de report des congés fixée à 15 mois après le terme de l’année au cours de laquelle les droits à congés ont été acquis.

Pour rappel, l’indemnisation est due si l’impossibilité de prendre les congés annuels avant la fin de la relation de travail résulte non seulement d’un congé de maladie mais aussi d’un motif tiré de l’intérêt du service, dans la mesure où ils sont considérés l’un comme l’autre comme indépendants de la volonté de l’agent (CAA Marseille n° 15MA02573 du 6 juin 2017).

Par ailleurs, ont pu être considérées par le juge administratif comme une fin de relation de travail ouvrant droit à l’indemnisation, outre l’admission à la retraite :

 - la radiation des cadres pour abandon de poste (CAA Bordeaux n° 19BX00519 du 17 mai 2021) ;

 - la mutation (CE n° 374743 du 7 décembre 2015) ;

 - la réintégration après un détachement (TA Cergy-Pontoise n° 1804150 du 3 décembre 2019).

S’agissant de la base de calcul de l’indemnité compensatrice, l’administration doit, en l'absence de disposition législative ou réglementaire, se fonder sur la rémunération que le fonctionnaire aurait perçue s’il avait exercé son droit à congés annuels, « soit un taux journalier égal au trentième de son traitement net ». (CAA Nancy n° 19NC03752 du 21 juillet 2022)

L’apport de l’arrêt de la cour administrative d’appel de Nancy réside dans la précision in fine sur les modalités pratiques de calcul de l’indemnisation pour les fonctionnaires, Elle complète la jurisprudence antérieure qui faisait référence à la « rémunération que l’agent aurait normalement perçue lors des congés annuels qu'il n'a pas pu prendre » (notamment CAA Bordeaux n° 19BX00519 du 17 mai 2021, CAA Bordeaux n° 14BX03684 du 13 juillet 2017).

 Dans le cas des agents contractuels, la base de calcul de l’indemnité compensatrice de congés annuels non pris est définie réglementairement : 1/10è de la rémunération totale brute perçue lors de l'année en cours, comparaison avec la rémunération que l'agent aurait perçue pendant la période de congés annuels dus et non pris, proratisation lorsque l'agent a pu bénéficier d'une partie de ses congés annuels (article 5 du décret n° 88-145 du 15 février 1988)

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