Conformément aux dispositions des articles L. 822-12 et suivants du code général de la fonction publique (CGFP), le fonctionnaire territorial en activité a droit à un congé de longue durée lorsqu'il est atteint de tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis.

 

Ce congé peut être accordé pour une durée de cinq ans maximum, appréciée sur l'intégralité de la carrière de l'agent, dont trois ans à plein traitement et deux ans à demi-traitement. 

 

Le fonctionnaire atteint d'une sclérose latérale amyotrophique, communément appelée maladie de Charcot, ne peut bénéficier d'un tel congé. 

 

En application des articles L. 822-6 et suivants du CGFP, le fonctionnaire territorial concerné peut néanmoins prétendre à l'octroi d'un congé de longue maladie de trois ans maximum, dont un an à plein traitement et deux ans à demi-traitement, en cas d'affection grave nécessitant un traitement et des soins prolongés. L'arrêté du 14 mars 1986 relatif à la liste des maladies donnant droit à l'octroi des congés de longue maladie, rendu applicable aux fonctionnaires territoriaux par un arrêté du 30 juillet 1987, établit une liste indicative des affections ouvrant droit à ce congé. 

 

Il peut également être octroyé, à titre exceptionnel, pour une affection non énumérée par l'arrêté précité après avis du conseil médical compétent. Contrairement au congé de longue durée qui ne peut être octroyé qu'une seule fois par affection, le congé de longue maladie est renouvelable si le fonctionnaire a repris l'exercice de ses fonctions pendant un an.

 

En outre, si pendant la période de référence de quatre ans précédant la date à laquelle ses droits à rémunération sont appréciés, le fonctionnaire territorial n'a pas bénéficié de plus d'un an de congé de longue maladie, l'intéressé continue à percevoir un plein traitement. 

 

En cas de congé de longue maladie fractionné, ce droit est réouvert intégralement à l'expiration d'une période de quatre années à compter de l'octroi de la première période de congé de longue maladie. Par ailleurs, le régime du congé de longue maladie est comparable aux droits ouverts par le régime général d'assurance maladie de la sécurité sociale, en cas d'affection de longue durée (ALD).